محقق برجسته حوزه و دانشگاه، شهيد استاد مطهري از آن نسخ محققيني بو دكه مي دانست به دنبال چه چيز بايد بگردد . او معلم دين و مدافع اسلام بود  و عادلانه و روشنفكرانه از دين دفاع مي كرد . از ويژگيهاي بارزي كه در تحقيقات استاد وجود دارد ، هدف مقدس ايشان بود ، يعني او هيچ گاه بر سبيل تفنن و سرگرمي دست به قلم نمي برد بلكه بر اساس نيازها و در راستاي هدف الهي به اين امر مهم همت مي گمارد .استاد مطهري ، در كار تحقيق به مانند ساير جنبه هاي حيات معقولش ، منظم و با برنامه بود ، ايشان علاوه بر حاشيه نويسي در كتابها  گاهي به جهت اظهار نظر در مورد موضوع بحث و زماني به جهت تصحيح متن و در مواردي به منظور مشخص ساختن و دسته بندي كردن مباحث و مطالب صورت مي گرفت .استاد مطهري از شيوه تلخيص و ياد داشت برداري مطالب مهم به شدت سود مي جست ، علاوه بر اينها با روش حساب شده و منظم ، كار فراهم آوردن فيشهاي تحقيقي را دنبال مي كرد ، آن بزرگوار تا قبل از سال 1338 ياداشتهاي مورد نظر خود را در دفاتر درج مي كرد از سال 38 به بعد شيوه گرد آوري مطالب را تغيير داد و ارزشهاي فيشهاي تحقيقي كه آسانتر و عملي تر و با قابليت و انعطاف بيشتر است ، بهره گرفت. استاد مطهري معتقد بودند كه در امر تحقيق بايد زمينه هاي مورد نياز جامعه را لحاظ كر د و از تحقيقات آكا دميك صرف كه هيچ مشكلي را حل نمي كند بايد اجتناب كرد.

زندگیت مرتضی و روح توست مطهّر 

یاد تو زنده است و نام توست معطّر

ای سخنت دلنشین و لحن تو شیرین

قند بیانت چو شهد ،اگر چه مکرّر

خامهء تو رهگشای وادی توحید

کلک تو روشنگر پیام پیمبر

باتو به کنجی خزیده هرچه منافق

بی تو شده گرم، جان افعی و اژدر

ای به قلم ،یکه تاز معرکه ی حق

یک تنه با خصم بی شمار، برابر

تشنگی عقل را تو چشمه ی زمزم

روح عطشناک را عطیّه ی کوثر

ای تو برای همه مربی و استاد

ای ز امام عزیز،پاره ی پیکر

خون تو موجی بیافرید خروشان

میهن مارا فراگرفت ،سراسر

زنده شد از خون تو شریعت اسلام

نهضت ایران گرفت رونق دیگر

کشته حق گشتی و شهید شرافت

تا که رسیدی به آن مقام مقدّر

خانه ی ایمان به نام توست مصفّا

خاطرها،در غیاب توست مکدّر

(جواد محدّثی)